Fundacja została założona w 1999 r., pierwotnie pod nazwą Centrum Naukowe Notariatu. Jedynym Fundatorem była Krajowa Rada Notarialna. W 2012 roku Fundacja zmieniła nazwę na Fundacja na rzecz Bezpiecznego Obrotu Prawnego.

Po 8 latach od wejścia w życie ustawy z dnia 14 lutego 1991 r. Prawo o notariacie, w notariacie funkcjonującym na zasadach wolnego samorządu zawodowego, pojawiła się koncepcja powołania podmiotu, który skupiałby przede wszystkim prawników-ekspertów w danej dziedzinie, zarówno ze środowiska notarialnego, jak i naukowego. Idea jaka przyświecała Krajowej Radzie Notarialnej w chwili powstania Fundacji, to przede wszystkim powołanie ciała wspierającego i prowadzącego prace naukowo-badawcze w dziedzinach prawa cywilnego, finansowego, administracyjnego, konstytucyjnego i przede wszystkim w zakresie szeroko pojętego prawa notarialnego, regulującego wszelkie aspekty funkcjonowania samorządu i wykonywania zawodu przez notariuszy.